Estrogen như estradiol có một số chống chỉ định.[26][81][82][83] Estradiol nên tránh khi có không được chẩn đoán bất thường chảy máu âm đạo, được biết, nghi ngờ hoặc có tiền sử ung thư vú, điều trị hiện nay đối với bệnh di căn, biết hoặc nghi ngờ estrogen phụ thuộc vào tân, huyết khối tĩnh mạch sâu, thuyên tắc phổi hoặc lịch sử của những điều kiện này, hoạt động hoặc bệnh huyết khối động mạch gần đây như đột quỵ, nhồi máu cơ tim, rối loạn chức năng gan hoặc bệnh. Estradiol không nên dùng cho những người bị mẫn cảm/dị ứng hoặc những người đang mang thai hoặc nghi ngờ có thai.[18]